Берите справку о том, что рейс перенесли. По прибытию к месту службы докладывайте рапортом о том, что не смогли своевременно явиться на службу в связи с переносом рейса, приложив подтверждающие документы.
Федеральный закон от 27.05.1998 N 76-ФЗ «О статусе военнослужащих»
Статья 28.5. Обстоятельства, учитываемые при назначении дисциплинарного взыскания
....
2. По своему характеру грубыми являются следующие дисциплинарные проступки:
нарушение уставных правил взаимоотношений между военнослужащими;
...
неявка в срок без уважительных причин на службу при увольнении из расположения воинской части или с корабля на берег, при назначении, переводе, а также из командировки, отпуска или медицинской организации;
Не представите документы, подтверждающие уважительные причины опоздания, то будете привлечены к уголовной ответственности.
Также доложите командиру подразделения, хотя бы по телефону, о том, что вы не можете своевременно явиться из отпуска по причине переноса рейса. Иначе и вы, и он можете быть привлечены к дисциплинарной ответственности: вы — за недоклад об обстоятельствах, препятствующих исполнению обязанностей военной службы, командир — за отсутствие контроля за подчиненным личным составом.