Должен ли я возвращать деньги по НИС государству, если использовал не всю сумму?

Федеральный закон от 20.08.2004 N 117-ФЗ  «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих»

Статья 10. Возникновение права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника

Основанием возникновения права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника, в соответствии с настоящим Федеральным законом является:

1) общая продолжительность военной службы, в том числе в льготном исчислении, двадцать лет и более;
2) увольнение военнослужащего, общая продолжительность военной службы которого составляет десять лет и более:

а) по достижении предельного возраста пребывания на военной службе;
б) по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе;
в) в связи с организационно-штатными мероприятиями;

г) по семейным обстоятельствам, предусмотренным законодательством Российской Федерации о воинской обязанности и военной службе;
3) исключение участника накопительно-ипотечной системы из списков личного состава воинской части в связи с его гибелью или смертью, признанием его в установленном законом порядке безвестно отсутствующим или объявлением его умершим;
4) увольнение военнослужащего по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе.

Таким образом, так как права на накопления у вас при увольнении не возникнет вы должны будете вернуть государству в лице ФГКУ «Росвоенипотека» оформленный вами целевой жилищный займ в 1,3 млн. рублей в течение 10 лет. При этом проценты не начисляются. Можно сказать, что вам в данном случае предоставлен беспроцентный займ. Если потом решите служить и заключите новый контракт в той же или другой части, то вам будут восстановлены накопления и займ возвращать не придется.