Здравствуйте, Андрей.
Если застройщик объекта недвижимости не предъявляет Вам НДС по договору, то соответственно Вам нечего будет ставить к возмещению из бюджета.
Кроме того, если застройщик в целом строит жилой многоэтажный дом, то реализация помещений (в том числе и нежилых) в этом доме не облагается НДС.
ст. 149 НК РФ3. Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) на территории Российской Федерации следующие операции:
22) реализация жилых домов, жилых помещений, а также долей в них;
(пп. 22 введен Федеральным законом от 20.08.2004 N 109-ФЗ)
23) передача доли в праве на общее имущество в многоквартирном доме при реализации квартир;
(пп. 23 введен Федеральным законом от 20.08.2004 N 109-ФЗ)
23.1) услуги застройщика на основании договора участия в долевом строительстве, заключенного в соответствии с Федеральным законом от 30 декабря 2004 года N 214-ФЗ «Об участии в долевом строительстве многоквартирных домов и иных объектов недвижимости и о внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации» (за исключением услуг застройщика, оказываемых при строительстве объектов производственного назначения);
К объектам производственного назначения в целях настоящего подпункта относятся объекты, предназначенные для использования в производстве товаров (выполнении работ, оказании услуг);
(абзац введен Федеральным законом от 19.07.2011 N 245-ФЗ)
(пп. 23.1 введен Федеральным законом от 17.06.2010 N 119-ФЗ)
Таким образом, поскольку Вы не платите НДС застройщику, а он не платит НДС в бюджет, Вам нечего возвращать из бюджета.