Будет ли утрачена часть субсидии, если сын военнослужащего зарегистрируется в другом регионе?

Если я уеду в другой регион и сделаю там временную прописку или регистрацию, то моя часть от субсидии потеряется? И что лучше сделать: временную регистрацию или временную прописку? — Нет такого понятия как временная прописка (так говорят в быту). Юридически правильно говорить временная регистрация по месту пребывания. Она не свидетельствует о вашем намерении уехать на ПМЖ в другую местность и поэтому не лишает вас права участвовать в жилищной субсидии на приобретение жилья, положенной вашему отцу.

Субсидией (как и любой другой формой жилищного обеспечения военнослужащих) обеспечиваются военнослужащий и совместно проживающие с ним члены семьи. Перед предоставлением субсидии РУЖО повторно затребует копию вашего паспорта. Штамп о регистрации по месту пребывания будет свидетельствовать о том, что совместно вы не проживаете. С вероятностью в 99,(9)% можно предположить, что РУЖО вынесет решение об исключения вас из состава лиц, имеющих право на получение субсидии. Придётся судиться и успех далеко не гарантирован.

Юридически правильно говорить регистрация по месту пребывания

Временная прописка (по-старому) = регистрация по месту пребывания (по-новому).