Что грозит за регулярные опоздания на службу, если я служу по контракту?

Систематические опоздания на службу привлечь к уголовной ответственности не могут, но вот провести по каждому случаю разбирательство и уволить по подпункту «в» пункта 2 ст. 51 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе» 

в связи с невыполнением условий контракта военнослужащим.

Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 29.05.2014 N 8 (ред. от 28.06.2016) «О практике применения судами законодательства о воинской обязанности, военной службе и статусе военнослужащих»

41. Досрочное увольнение с военной службы по подпункту «в» пункта 2 статьи 51 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе» в связи с невыполнением условий контракта может применяться к военнослужащим в порядке дисциплинарного взыскания и в порядке аттестации с учетом соответствия военнослужащего предъявляемым к нему требованиям.
Невыполнением условий контракта как основанием для досрочного увольнения военнослужащего с военной службы следует считать лишь значительные (существенные) отступления от требований законодательства о воинской обязанности и военной службе, которые могут выражаться, в частности, в совершении виновных действий (бездействия), свидетельствующих об отсутствии у военнослужащего необходимых качеств для надлежащего выполнения обязанностей военной службы; совершении одного из грубых дисциплинарных проступков, составы которых перечислены в пункте 2 статьи 28.5 Федерального закона «О статусе военнослужащих»; совершении дисциплинарного проступка при наличии у него неснятых дисциплинарных взысканий; совершении уголовно наказуемого деяния или административного правонарушения, за которое военнослужащий несет ответственность на общих основаниях; иных юридически значимых обстоятельств, позволяющих в силу специфики служебной деятельности военнослужащего сделать вывод о том, что он перестал удовлетворять требованиям законодательства о воинской обязанности и военной службе, предъявляемым к военнослужащим, проходящим военную службу по контракту.
Если военнослужащий по своим деловым и личным качествам не соответствует требованиям, предъявляемым к лицам, проходящим военную службу (о чем может свидетельствовать, например, наличие у него неснятых дисциплинарных взысканий), его досрочное увольнение с военной службы возможно только по результатам аттестации, в том числе внеочередной.