Добрый день, Елена
если Вы пишите, что работника взяли на 0,5 ставки по основному месту специалистом ОК и на 0,5 ставки (с отработкой рабочего времени) делопроизводителем, тогда у Вас получается основная работа и совместительство.
Статья 282. Общие положения о работе по совместительству
Совместительство — выполнение работником другой регулярной оплачиваемой работы на условиях трудового договора в свободное от основной работы время.
Заключение трудовых договоров о работе по совместительству допускается с неограниченным числом работодателей, если иное не предусмотрено федеральным законом.
Работа по совместительству может выполняться работником как по месту его основной работы, так и у других работодателей.
В трудовом договоре обязательно указание на то, что работа является совместительством.
т.о. на оба этих вида работы заключаются отдельные трудовые договоры, в один из которых Вы можете включить также и надбавку за интенсивность и оформить эту надбавку приказом.
В случае, если оформите один трудовой договор на основную работу и напишите приказ на совмещение, Ваш работник будет работать только на 0,5 ставки, поскольку совмещение не предполагает отработку рабочего времени.