Александр, приветствую!
Закон 44-ФЗ это не нарушает, особенно если вы использовали при формировании НМЦК метод сопоставимых рыночных цен и получили такую цифру, можете это обосновать (есть несколько коммерческих предложений). Также плюсом будет, если в аукционе участвовало несколько потенциальных поставщиков.
Цена на товар зависит не только от региона, но и от места нахождения производителя и покупателя, сезона, объема закупки и т.п.
При этом я допускаю, что могут быть региональные и отраслевые особенности определения НМЦК, разъяснения вашего профильного ведомства, руководства региона или ФАС по вашему конкретному товару.
Но в любом случае, если вас попытаются привлечь к ответственности линия защиты должна быть такой: высокая цена диктуется особенностями поставки, НМЦК определена методом сопоставимых рыночных цен на основе предложений потенциальных поставщиков, окончательная цена установлена на конкурентном аукционе.