Должны ли платить зарплату военнослужащим по контракту за время пребывания на гауптвахте?

Должны выплатить  оклад по воинскому званию и оклад по воинской должности по 1 тарифному разряду за весь период нахождения под арестом (с содержанием на гауптвахте ), п.169 Порядка… утвержденного приказом МО РФ 2011 года №2700.

Не совсем так, как пункт 169 Порядка распространяется на осужденных военнослужащих, в данном случае имеет место дисциплинарный арест. Соответственно, если вы отстранялись от исполнения должностных и (или) специальных обязанностей до окончания исполнения дисциплинарного взыскания в виде ареста, то вам в соответствии с пунктами 152, 167 вышеуказанного Порядка помимо выплаты оклада по воинскому званию и окладу по воинской должности, а не по I тарифному разряду, также полежит выплата ежемесячной надбавки за выслугу лет. Если по каким-то причинам этого сделано не было, то вы вправе обжаловать бездействия/решения должностных лиц.