Как должны оплатить двухнедельный отпуск, если отработал на предприятии только 3 месяца?

За три месяца работы вы на 2 недели отпуска ещё не заработали. Но, то что вы не заработали на 2 недели отпуска — не значит что по своему согласию работатель не может вам представить 2 недели отпуска в расчёте на то что вы потом отработаете те дни отпуска на которые в данный момент ещё не заработали как право на сами дни и так и право на оплату этих дней отпуска. Если вам работодатель предоставляет такой продолжительностью отпуск — то он обязан и оплатить его полностью, а если полностью не оплачивает (оплачивает только ту часть на которую вы уже заработали), то это должно выглядеть только так и ни как по другому: оплачиваемая часть отпуска — это ваш очередной оплачиваемый отпуск, а не оплачиваемая часть — только по вашему заявлению о предоставлении отпуска без сохранения заработной платы или проведённая приказом по организации как отпуск в связи с простоем предприятия (в этом случае вам обязаны оплачивать не менее 2/3 средней зп работника).
Трудовой Кодекс РФ
Статья 157. Оплата времени простоя
Время простоя (статья 72.2 настоящего Кодекса) по вине работодателя оплачивается в размере не менее двух третей средней заработной платы работника.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
Время простоя по причинам, не зависящим от работодателя и работника, оплачивается в размере не менее двух третей тарифной ставки, оклада (должностного оклада), рассчитанных пропорционально времени простоя.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)