Как сделать так, чтобы появились необходимые остатки на складе?

Здравствуйте, Алена.

Провести инвентаризацию и по результатам инвентаризации как бы оприходовать недостающий товар.

Алёна

т.е. «лишний» товар, а не недостающий, вы имели в виду, наверное.

Этот путь применим, но не на постоянной основе, естественно, и только к тем ТМЦ, которые вообще в принципе могли поступить к вам на склад (например, излишки при поставке от вашего поставщика, которые не были своевременно выявлены и поставщик не высказал претензий, допустим. Но если товара такой номенклатуры, которую вы выставляете покупателям вообще у вас в учете не было, то этот способ не подойдет.

По идее, неизрасходованные при выполнении работ материалы должны остаться у заказчика, ведь он их оплатил полностью. Так что в принципе ваши работники действуют не вполне законно.

29. По результатам инвентаризаций и проверок принимаются соответствующие решения по устранению недостатков в хранении и учете запасов и возмещению материального ущерба.
Выявленные при инвентаризации расхождения между фактическим наличием имущества и данными бухгалтерского учета отражаются в следующем порядке:
а) излишки запасов приходуются по рыночным ценам, и одновременно их стоимость относится:
— в коммерческих организациях — на финансовые результаты;
Приказ Минфина России от 28.12.2001 N 119н (ред. от 24.10.2016) «Об утверждении Методических указаний по бухгалтерскому учету материально-производственных запасов» {КонсультантПлюс}

Внереализационными доходами налогоплательщика признаются, в частности, доходы:
20) в виде стоимости излишков материально-производственных запасов и прочего имущества, которые выявлены в результате инвентаризации;
ст. 250, «Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая)» от 05.08.2000 N 117-ФЗ (ред. от 03.04.2017) {КонсультантПлюс}