Екатерина, здравствуйте.
Выписку должен был направить заказчику оператор ЭП после проведения электронного аукциона в составе второй части заявки на участие. И направить он должен был ту выписку, которая была приложена Вами в момент аккредитации на площадке.
И, вероятнее всего, выписка содержит усиленную квалифицированную электронную подпись, без нее Вас вряд ли аккредитовал бы оператор ЭП.
Если выписка эту подпись содержит, тогда отклонение не правомерно.
Выписка из Единого государственного реестра юридических лиц в электронной форме, подписанная усиленной квалифицированной электронной подписью, равнозначна выписке на бумажном носителе, подписанной собственноручной подписью должностного лица налогового органа и заверенной печатью налогового органа (пункты 1 и 3 статьи 6 Федерального закона от 6 апреля 2011 г. № 63-ФЗ «Об электронной подписи»).