От каких налогов освобождается гражданин РФ, проживающий за рубежом?

Здравствуйте, Андрей!

От каких налогов освобождается гражданин РФ, являющийся ИП и владельцем российской компании на УСН, если 2/3 времени он проживает за границей и зарабатывает там как индивидуал и владелец зарубежной компании?

Ни от каких не освобождается. В данном случае гражданин считается нерезидентом, а это значит, что доходы от источников в РФ облагаются у него по повышенным ставкам. Вместо НДФЛ 13% — НДФЛ 30%.