Здравствуйте, в данном случае определяющее имеет значение дата принятия решения о проведении выездной проверки. Варианты следующие:
1. Решение принято и вручено организации. После этого подается заявление о внесении изменения в ЕГРЮЛ о смене юр.адреса.
2. Заявление о смене адреса подано, запись в ЕГРЮЛ еще не внесена и в это время (5 дней) принято решение о проверке.
3. Организация каким-либо образом получила информацию о том, что проверка планируется и подала заявление о смене юр. адресу и соответствующая запись уже внесена.
В первых двух случаях проверку будет проводить проверка продолжается налоговым органом, принявшим решение о проведении выездной налоговой проверки, а в состав проверяющей группы в обязательном порядке включаются должностные лица налогового органа по новому месту нахождения. С указанной целью налоговый орган, вынесший решение о проведении выездной проверки, направляет запрос о выделении должностных лиц для проведения проверки в налоговый орган по новому месту нахождения налогоплательщика. (Письмо ФНС РФ от 25.07.2013 N АС-4-2/13622).
В последнем случае, при наличии информации и оснований для проведении проверки (либо наличии интереса правоохранительных органов) в порядке служебного взаимодействия информация о необходимости проведения проверки будет передана в «новую инспекцию, которая может принять решение о проведении выездной проверки.
Подробней разъяснения по вопросу прилагаю в файле.