Здравствуйте!
В сделках с использованием средств материнского капитала продавцу следует иметь в виду, что средства мат. капитала будут перечислены ему на банковский счет только уже после государственной регистрации перехода права собственности на квартиру.
Имея на руках документы о праве собственности, покупатель подает в Пенсионный фонд заявление о распоряжении средствами мат. капитала, и ПФР в течение порядка месяца после этого перечисляет продавцу деньги.
Для гарантии продавцу следует указать в договоре купли-продажи условие, согласно которому до момента полной оплаты квартира будет находится у него в залоге (п. 5 ст. 488 Гражданского кодекса РФ), и он всегда сможет обратить на неё взыскание.