Как остаться на патентной системе налогообложения, если я не доплатил налог за патент?

Добрый вечер! Новая редакция Налогового кодекса, позволяющая и далее применять ПСН при просрочке уплаты, действует с 01.01.2017 г. А так как вы не уплатили своевременно налог в 2016 году, то, соответственно, должны применять нормы, действующие на тот период.

Редакция 2016 года:

6. Налогоплательщик считается утратившим право на применение патентной системы налогообложения и перешедшим на общий режим налогообложения с начала налогового периода, на который ему был выдан патент в случае:
3) если налогоплательщиком не был уплачен налог в сроки, установленные пунктом 2 статьи 346.51 настоящего Кодекса.

Поэтому вы обязаны уплатить налоги по ОСНО (если не переходили на УСН).