Здравствуйте, Игорь.
Приказом МВД России от 07.08.2013 N 605 «Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по регистрации автомототранспортных средств и прицепов к ним» установлено, что:
6. Государственная услуга предоставляется Министерством внутренних дел Российской Федерации. Непосредственное предоставление государственной услуги осуществляют подразделения Госавтоинспекции.
11. Заявления принимаются сотрудниками в подразделениях Госавтоинспекции в течение всего времени, установленного графиком приема граждан в регистрационном подразделении.
15.1. Заявление, согласно приложению N 1 к Административному регламенту.
Заявления могут быть написаны (заполнены) от руки, машинописным способом, либо посредством электронных печатающих устройств, а также в электронной форме с помощью информационных ресурсов МВД России в сети Интернет или через Единый портал.
В итоге вы вправе выбирать где регистрировать автотранспортное средство. Через портал госуслуг или в госавтоинспекции. Если последует отказ в регистрации автотранспортного средства, можете обратиться с жалобой, на неправомерные действия сотрудников, к начальству данного подразделения, прокуратуру или с заявлением в суд.
По поводу штрафа, его вы можете обжаловать в судебном порядке.