Добрый день, Павел!
Безусловно замазывать ничего в договоре нельзя.
Любый исправления в тексте договора должны быть оговорены и напротив записи проставлены подписи сторон с оттисками печати.
То есть, зачеркиваете одной линией в тексте, а на свободном месте этого же листа пишите: «Зачеркнутое „с протоколом разногласий“ не читать. и подписи и печати сторон.
НО имейте ввиду, что ВСЕ ЭКЗЕМПЛЯРЫ договора должны быть идентичны!!! То есть одинаковые изменения во всех экземплярах
Второй вариант действий — это подписание сторонами соглашения об урегулировании разногласий по договору №___ от ___.
В этом документе двухстороннего соглашения оговориваете, что в ходе обсуждения условий все разногласия сняты и договор заключен в исходном виде, то есть ____ описываете, что необходимо исключить из текста.
При этом следует иметь ввиду судебную практику по таким делам:
1. наличие протокола разногласий и отсутствие его урегулирования суды признают как элемент незаключенности договора, то есть стороны не достигли соглашения по ВСЕМ СУЩЕСТВЕННЫМ УСЛОВИЯМ ДОГОВОРА.
2. по любым надписям от руки в случае в дальнейшем спора может проводиться техническая экспертиза. Иногда она дает четкий вывод о дате внесения таких изменений. То есть, если важен срок, то можно оспорить дату заключения договора.