Каким образом можно изменить договор займа между физическим лицом и организацией?

Здравствуйте, Вероника!

Во все договора организация вправе вносить изменения путем заключения допсоглашений. Т.О. можно заключить допсоглашение к имеющемуся договору займа. Дату допсоглашения можете определить любую. В банк предоставлять не нужно.

Если дата допсоглашения будет отличаться от даты договора, то можно проценты за этот период подарить организации. Это удобно, если учредитель имеет более 50% уставного капитала. Такой подарок отразится как внереализационный доход.

Дт 91.2 Кт 66, 67 проценты по договору займа

Дт 66, 67 Кт 91.1 списаны проценты по займу как подарок учредителя с долей более 50%

В налоговом учете эти проценты не будут являться налогооблагаемым доходом.

Статья 251 НК РФ. Доходы, не учитываемые при определении налоговой базы
11) в виде имущества, полученного российской организацией безвозмездно:
от физического лица, если уставный (складочный) капитал (фонд) получающей стороны более чем на 50 процентов состоит из вклада (доли) этого физического лица.