Является ли ошибкой списание остальных товаров, если модернизировался только системный блок?

Добрый день, Анатолий.

Материальные ценности стоимостью менее 40 000 (сорок тысяч) рублей списываются бухгалтерией (в соответствии с ПБУ) автоматически. Поскольку мышь и клавиатура это отдельные товарные позиции и стоимостью (даже общей) куда менее вышеуказанной суммы, то их списание (с точки зрения бухгалтерии) правильно. Наверняка бухгалтерия принимала на баланс как отдельно взятые части компьютера.

Удачи в разрешении ситуации.

Списание не является ошибкой. Клавиатура и мышь, могут быть списаны с учета сразу, при передаче в пользование (производство). Так как не отвечают признакам ОС.

Основным критерием принадлежности имущества к категории основных средств в бухучете является срок его полезного использования. Если этот срок превышает 12 месяцев, имущество может быть отнесено к основным средствам.
пп.4 и 5 ПБУ 6/01:
Помимо срока включение имущества в состав основных средств зависит и от характера его использования. Основными средствами может быть признано имущество, которое:
предназначено для использования в производственной (управленческой) деятельности организации или для передачи в аренду;
не предназначено для перепродажи;
способно приносить доход в будущем.
Имущество может обладать всеми признаками основного средства и иметь первоначальную стоимость, равную или менее 40 000 руб. Любой объект в пределах этой стоимостной группы организация вправе учитывать:
в составе основных средств;
в составе материально-производственных запасов (МПЗ).
Конкретный лимит стоимости для отнесения имущества к той или иной категории активов установите в учетной политике для целей бухучета.

Пордтвердите списание актом на списание, может быть разработан самостоятельно организацией.