Срочно нужна помощь,помогите пожалуйста

Начну с самого начала!моя сестра,гражданка Азербайджана,папа гражданин рф,у мамы имеется ВНЖ.сестра пошла в детский сад в россии,законила школу,школу искуств красной медалью,университет (бакалавриат,как иностранный студент) и в это время она училась на очной форме и ее сам ВУЗ регистрировал..после окончании вуза,мы решили отдать ее в магистратуру,на заочную форму обучения..на тот момент истекал срок регистрации еще сделанная университетом (до 31 августа) и мы ее отправили в украину чтоб она пересекла границу,и в тот же день вернулась!при ее возвращении-зарегистрировали ее в мфц,никаких проблем не было!пытались подать заявление о квоте,но никак по времени не успели..настал момент когда заканчивалась регистрация,и мы ее на сей раз отправили в Азербайджан на 2 недели.Опять приехав-никак проблем на границе не имели!в течении положенных 7 дней зарегестрировали ее опять на три месяца в мфц!и вот вчера решили подать документы на квоту,так начальник данного отделения уфмс удивился и сказал что ты находишься тут не законно и что действует закон 90/180..мол ты должна покинуть страну в течении 14 дней..и мы в растерянности..не знаем что делать и в какие инстанции обращаться..на миграционной карте была указана учеба,мы им объяняем,что у нее на данный момент сессия( на заочке).Написали заявление начальнику уфмс по тульской области,в прокурату,завтра собираемся подать документы в суд..так неужели,у человека который прожил тут 20 лет,имеюший родителей с гражданством,без единых штрафов и нареканий,с кучой грамот,статей и благодарственных писем-ничего нельзя поделать?оспорить как то это решение?или все же она ничем не отличается от обычных мигрантов приезжающих с мыслью о заработке?