Можно ли бюджетному учреждению оплатить счет за холодную воду?

Да, бухгалтерия правомерно не принимает счет. Высокие риски наложения штрафных санкций.

Согласно письму Минэкономразвития России от 22.01.2015 г. № Д28и-118 включать в государственный (муниципальный) контракт положение о том, что условия контракта распространяются на отношения сторон, возникшие до его заключения, не допускается. Представляется, что это верная позиция и основана она на следующем. Государственный контракт заключается в рамках установленной Законом № 44-ФЗ процедуры выбора поставщика (подрядчика, исполнителя). Ее соблюдение необходимо для вступления в отношения, возникающие из контракта. Заключенный по результатам такой процедуры контракт не может распространяться на ранее возникшие отношения, поскольку он заключается на условиях, изложенных в извещении об осуществлении закупки (или иной документации, установленной в Законе № 44-ФЗ), а не на основе фактически сложившихся отношений. Если товары поставлены (работы выполнены, услуги оказаны) до того, как в результате проведения процедуры определения поставщика (подрядчика, исполнителя) был заключен контракт, включение в него рассматриваемого условия не поможет избежать неблагоприятных последствий. Распространение условий контракта на отношения сторон в период времени от составления протокола до момента заключения контракта также неверно. Предположим, заказчик выбрал победителя с нарушениями процедуры, соответственно, другие участники должны иметь возможность и время (10 дней) на обжалование действий заказчика.