Как восстановить ликвидированное ООО?

Статья 64.2. Прекращение недействующего юридического лица

1. Считается фактически прекратившим свою деятельность и подлежит исключению из единого государственного реестра юридических лиц в порядке, установленном законом о государственной регистрации юридических лиц, юридическое лицо, которое в течение двенадцати месяцев, предшествующих его исключению из указанного реестра, не представляло документы отчетности, предусмотренные законодательством Российской Федерации о налогах и сборах, и не осуществляло операций хотя бы по одному бан ковскому счету (недействующее юридическое лицо).

2. Исключение недействующего юридического лица из единого государственного реестра юридических лиц влечет правовые последствия, предусмотренные настоящим Кодексом и другими законами применительно к ликвидированным юридическим лицам.

В Вашем случае только оспаривать решение налогового органа, при условии, что сроки исковой давности не истекли.