Нуждалась в деньгах и открыла 2 ООО для третьих лиц, как их закрыть и как избежать негативных последствий?

Кристина, здравствуйте! Конечно Ваша ситуация неприятная, но не критичная. Раз Вы генеральный директор, то никакие значимые действия без Вашей подписи проходить не могли. Но теперь что Вас нужно собственно сделать, чтобы себя обезопасить. Нужно ликвидировать ООО, процедура сложная достаточно, но благодаря ей, сможете себя обезопасить на будущее. Для это его есть ФЗ 129 о государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей:

Статья 21. Документы, представляемые для государственной регистрации при ликвидации юридического лица

1. Для государственной регистрации в связи с ликвидацией юридического лица в регистрирующий орган представляются следующие документы:
а) подписанное заявителем заявление о государственной регистрации по форме, утвержденной уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти. В заявлении подтверждается, что соблюден установленный федеральным законом порядок ликвидации юридического лица, расчеты с его кредиторами завершены и вопросы ликвидации юридического лица согласованы с соответствующими государственными органами и (или) муниципальными органами в установленных федеральным законом случаях;
б) ликвидационный баланс;
в) документ об уплате государственной пошлины;
г) документ, подтверждающий представление в территориальный орган Пенсионного фонда Российской Федерации сведений в соответствии с подпунктами 1 — 8 пункта 2 статьи 6 и пунктом 2 статьи 11 Федерального закона «Об индивидуальном (персонифицированном) учете в системе обязательного пенсионного страхования» и в соответствии с частью 4 статьи 9 Федерального закона «О дополнительных страховых взносах на накопительную пенсию и государственной поддержке формирования пенсионных накоплений». В случае, если предусмотренный настоящим подпунктом документ не представлен заявителем, указанный документ (содержащиеся в нем сведения) предоставляется по межведомственному запросу регистрирующего органа или органа, который в соответствии с настоящим Федеральным законом или федеральными законами, устанавливающими специальный порядок регистрации отдельных видов юридических лиц, уполномочен принимать решение о государственной регистрации юридического лица (в том числе Банка России), соответствующим территориальным органом Пенсионного фонда Российской Федерации в электронной форме в порядке и сроки, которые установлены Правительством Российской Федерации.
(пп. «г» введен Федеральным законом от 19.07.2007 N 140-ФЗ, в ред. Федеральных законов от 30.04.2008 N 55-ФЗ, от 27.07.2010 N 227-ФЗ, от 01.07.2011 N 169-ФЗ, от 03.12.2011 N 383-ФЗ, от 23.07.2013 N 251-ФЗ, от 21.07.2014 N 216-ФЗ)
2. Государственная регистрация в связи с ликвидацией юридического лица в случае применения процедуры в деле о банкротстве юридического лица осуществляется на основании определения арбитражного суда о завершении конкурсного производства, поступившего в регистрирующий орган из арбитражного суда путем направления указанного определения заказным письмом с уведомлением о вручении либо в электронной форме с использованием информационно-телекоммуникационных сетей общего пользования, в том числе сети Интернет. В случае поступления в регистрирующий орган определения о принятии к производству жалобы на определение арбитражного суда о завершении конкурсного производства государственная регистрация приостанавливается до поступления в регистрирующий орган судебного акта, вынесенного по результатам рассмотрения указанной жалобы.

С Уважением!