Здравствуйте!
Позиция транспортной компании неверная, исходя из следующего.
Согласно п. 1 ст. 803 ГК РФ за неисполнение или ненадлежащее исполнение обязанностей по договору экспедиции экспедитор несет ответственность по основаниям и в размере, которые определяются в соответствии с правилами главы 25 ГК РФ.
В силу ст. 393 ГК РФ должник обязан возместить кредитору убытки, причиненные неисполнением или ненадлежащим исполнением обязательства.
Из содержания ст. 15 ГК РФ следует, что под убытками понимаются расходы, которые лицо, чье право нарушено, произвело или должно будет произвести для восстановления нарушенного права, утрата или повреждение его имущества (реальный ущерб), а также неполученные доходы, которые это лицо получило бы при обычных условиях гражданского оборота, если бы его право не было нарушено (упущенная выгода).
В соответствии с п. 1 ст. 7 ФЗ «О транспортно-экспедиционной деятельности» экспедитор несет ответственность перед клиентом в виде возмещения реального ущерба за утрату, недостачу или повреждение (порчу) груза после принятия его экспедитором и до выдачи груза получателю, указанному в договоре транспортной экспедиции, либо уполномоченному им лицу, если не докажет, что утрата, недостача или повреждение (порча) груза произошли вследствие обстоятельств, которые экспедитор не мог предотвратить и устранение которых от него не зависело.
telecom.perm.ru/2013/09/o-vzyiskanii-s-ekspeditora-ushherba-prichinennogo-utratoy-gruza/
Исходя из этого, Вы имеете право требовать именно реальный, а не пропорциональный ущерб.