Как рассчитать просрочку?

Здравствуйте, Вадим!

У вас контракт по 44-ФЗ?

Добрый день!
По смыслу написанного Вами действительно следует, что речь идет про 44-ФЗ, в таком случае Вам возможно подойдет пункт 6.1. статьи 34 44-ФЗ :

6.1. В 2015 и 2016 годах в случаях и в порядке, которые определены Правительством Российской Федерации, заказчик предоставляет отсрочку уплаты неустоек (штрафов, пеней) и (или) осуществляет списание начисленных сумм неустоек (штрафов, пеней).

и

и Постановление Правительства РФ от 14.03.2016 N 190 «О случаях и порядке предоставления заказчиком в 2016 году отсрочки уплаты неустоек (штрафов, пеней) и (или) осуществления списания начисленных сумм неустоек (штрафов, пеней)»

3. Предоставление отсрочки уплаты неустоек (штрафов, пеней) и (или) списание начисленных сумм неустоек (штрафов, пеней) осуществляются заказчиком в следующем порядке:
а) если общая сумма неуплаченных неустоек (штрафов, пеней) не превышает 5 процентов цены контракта, заказчик осуществляет списание неуплаченных сумм неустоек (штрафов, пеней);
б) если общая сумма неуплаченных неустоек (штрафов, пеней) превышает 5 процентов цены контракта, но составляет не более 20 процентов цены контракта, заказчик:
предоставляет отсрочку уплаты неуплаченных сумм неустоек (штрафов, пеней) до окончания текущего финансового года;
осуществляет списание 50 процентов неуплаченных сумм неустоек (штрафов, пеней) при условии уплаты 50 процентов неуплаченных сумм неустоек (штрафов, пеней) до окончания текущего финансового года;
в) если общая сумма неуплаченных неустоек (штрафов, пеней) превышает 20 процентов цены контракта, заказчик предоставляет отсрочку уплаты неуплаченных сумм неустоек (штрафов, пеней) до окончания текущего финансового года.