Здравствуйте! В Вашей ситуации временная или постоянная регистрация кого-либо (за исключение несовершеннолетних детей сестры) в квартире возможна лишь с Вашего согласия и работник УФМС не вправе регистрировать без Вашего согласия и присутствия при подаче заявления на регистрацию.
В соответствии со ст. 247 Гражданского Кодекса РФ:
Владение и пользование имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляются по соглашению всех ее участников.
Судебная практика тут на Вашей стороне
ОБЗОР ЗАКОНОДАТЕЛЬСТВА И СУДЕБНОЙ ПРАКТИКИ ВЕРХОВНОГО СУДА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ЗА ПЕРВЫЙ КВАРТАЛ 2010 ГОДА (в ред. Постановления Президиума Верховного Суда РФ от 08.12.2010) гласит:
Вопрос 4. Необходимо ли участнику общей долевой собственности на квартиру (в том числе однокомнатную), получение согласия другого собственника этого жилого помещения на вселение членов своей семьи или иных граждан, вселяемых им в качестве членов своей семьи?
Ответ.
Вселение собственником жилого помещения членов своей семьи и иных граждан является реализацией права пользования и распоряжения принадлежащим ему жилым помещением, в связи с чем необходимо согласие всех сособственников этого жилого помещения.
Таким образом, если все же лицо зарегистрировано в квартире, то Вам необходимо обратиться в суд с иском к УФМС и данному лицу о признании регистрации незаконной и признании неприобретшим право пользования квартирой.