Должен ли работодатель оплачивать учебный отпуск, если я закончила бакалавриат и поступила в магистратуру?

Здравствуйте. Смотрите:

Трудовой кодекс РФ
Статья 173. Гарантии и компенсации работникам, совмещающим работу с обучением в образовательных учреждениях высшего профессионального образования, и работникам, поступающим в указанные образовательные учреждения
Работникам, направленным на обучение работодателем или поступившим самостоятельно в имеющие государственную аккредитацию образовательные учреждения высшего профессионального образования независимо от их организационно-правовых форм по заочной и очно-заочной (вечерней) формам обучения, успешно обучающимся в этих учреждениях, работодатель предоставляет дополнительные отпуска с сохранением среднего заработка для:
прохождения промежуточной аттестации на первом и втором курсах соответственно — по 40 календарных дней, на каждом из последующих курсов соответственно — по 50 календарных дней (при освоении основных образовательных программ высшего профессионального образования в сокращенные сроки на втором курсе — 50 календарных дней);
подготовки и защиты выпускной квалификационной работы и сдачи итоговых государственных экзаменов — четыре месяца;
сдачи итоговых государственных экзаменов — один месяц.
Статья 177. Порядок предоставления гарантий и компенсаций работникам, совмещающим работу с обучением
Гарантии и компенсации работникам, совмещающим работу с обучением, предоставляются при получении образования соответствующего уровня впервые. Указанные гарантии и компенсации также могут предоставляться работникам, уже имеющим профессиональное образование соответствующего уровня и направленным на обучение работодателем в соответствии с трудовым договором или соглашением об обучении, заключенным между работником и работодателем в письменной форме.

Теперь обратимся к ФЗ «Об образовании в РФ»

Статья 10. Структура системы образования
5. В Российской Федерации устанавливаются следующие уровни профессионального образования:
1) среднее профессиональное образование;
2) высшее образование — бакалавриат;
3) высшее образование — специалитет, магистратура;
4) высшее образование — подготовка кадров высшей квалификации.

Таким образом бакалавриат и магистратура — это разные уровни образования, соответственно впервые обучаясь на магистратуре Вы вправе претендовать на оплачиваемый отпуск.

С Уважением, Дмитрий Бакланов! Надеюсь, что мой ответ был Вам полезен.