Здравствуйте.
Взимание комиссии за ведение ссудного счета незаконно. Вам следует обращаться в суд. Смотрите подробнее здесь: http://pravoved.ru/question/11429/
Вот еще практика:
Заемщиком выступал Булгаков С. А. Постановление Роспотребнадзора №1700 гласит, что банк нарушил ч. 2 ст. 14.8 КоАП РФ. Сбербанк обжаловал постановление Роспотребнадзора, но потерпел фиаско. Высший арбитражный суд РФ подтвердил, что ссудный счет не является банковским – он предусмотрен правилами бухучета и нужен только для отражения на балансе банка операций по предоставлению денег заемщику и погашению кредита. Другими словами, ведение ссудного счета – это обязанность банка-кредитора перед Банком России, и обязанность эта никак не может быть «самостоятельной банковской услугой», и даже напротив, является скрытой (читай: незаконной) комиссией. Этот прецедент стал рычагом, открывшим шлюзы: на банки хлынули десятки и сотни заявлений об отмене комиссий за ведение ссудного счета. Суды, как правило, становились на сторону заемщиков.