Здравствуйте, Нина! Речь в письме налогового органа не идет о недоимке по ЕНДВ.
Вы представили налоговую декларацию как налогоплательщик ЕНВД. Однако у налогового органа нет данных, что ВЫ перешли на ЕНДВ. В соответсвии с ч. 3 ст. 346.28 НК РФ:
. Организации или индивидуальные предприниматели, изъявившие желание перейти на уплату единого налога, подают в налоговые органы в течение пяти дней со дня начала применения системы налогообложения, установленной настоящей главой, заявление о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога.
Налоговый орган, осуществивший постановку на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога, в течение пяти дней со дня получения заявления о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога выдает уведомление о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога. Датой постановки на учет в качестве налогоплательщика единого налога является дата начала применения системы налогообложения, установленной настоящей главой, указанная в заявлении о постановке на учет в качестве налогоплательщика единого налога.
Если Вы такое заявление подавали, то Вам необходимо представить тому доказательство. Либо Вам надо подать уточненную налоговую декларацию не в соответствии с ЕНДВ, а с применяемой ранее системой налогооблажения.