Сергей, здравствуйте.
В данном случае миграционные органы правы. В соответствии с п. 1 ст. 246 Гражданского кодекса распоряжение имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляется по соглашению всех её участников.
Предлагаю следующий выход. Если не успеваете зарегистрироваться по месту жительства, оформить регистрацию по месту пребывания на 90 дней (это может сделать Ваша сестра, согласия племянницы при этом не требуется). А за это время пусть племянницу пришлёт бумагу, что даёт согласие на регистрацию Вас в квартире по месту жительства на 3 года.