Здравствуйте, Русалина!
Если речь идет о федеральной программе, то возможно речь шла не о трех годах совместной прописки, а о 5 годах, которые нужно прожить в одном месте, чтобы быть признаным нуждающимся в улучшении жилищных условий.
Жилищный кодекс РФ Статья 53. Последствия намеренного ухудшения гражданами своих жилищных условий
Граждане, которые с намерением приобретения права состоять на учете в качестве нуждающихся в жилых помещениях совершили действия, в результате которых такие граждане могут быть признаны нуждающимися в жилых помещениях, принимаются на учет в качестве нуждающихся в жилых помещениях не ранее чем через пять лет со дня совершения указанных намеренных действий.
Также возможно, Вы пытались участвовать в региональной программе, в которой есть свои установленные требования.