Добрый день!
Имущественный вычет по пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ не предоставляется, в частности, при продаже недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности (пп. 4 п. 2 ст. 220 НК РФ).
При этом пп. 4 п. 2 ст. 220 НК РФ не определяет, имеется в виду имущество, когда-либо прежде использовавшееся налогоплательщиком в предпринимательской деятельности, или имущество, задействованное в такой деятельности к моменту его продажи. Из разъяснений Минфина России можно сделать вывод, что вычет не предоставляется и в том случае, если к моменту реализации имущество уже не применяется в предпринимательской деятельности, но было задействовано в ней ранее (см., например, Письмо от 08.08.2016 N 03-04-05/46458).
К доходу, полученному от реализации недвижимого имущества, которое непосредственно использовалось в предпринимательской деятельности, положения п. 17.1 ст. 217 Кодекса не применяются. То есть такой доход облагается НДФЛ в общем порядке, а также НДС, если предприниматель находится на ОСНО.
Аналогичной позиции придерживаются и контролирующие органы (см., напр., Письма Минфина России от 30 апреля 2015 г. N 03-04-05/25298, от 22 марта 2012 г. N 03-04-05/8-352 и т.д.).
Таким образом, в зависимости от той системы, на которой вы находитесь вам необходимо исчислить и уплатить налог. При этом, необходимо учитывать, что реализация недвижимого имущества не может облагаться ЕНВД.