Здравствуйте, Михаил!
Если честно сначала думал вопрос будет легким, но начал разбираться и изменил свое мнение.
В соответствии с Федеральным законом «О статусе военнослужащих» военнослужащие — граждане Российской Федерации имеют право на обучение в военных образовательных учреждениях профессионального образования (в том числе на получение послевузовского образования) и на курсах (факультетах) подготовки, переподготовки и повышения профессиональной квалификации военнослужащих. Порядок приема военнослужащих в указанные образовательные учреждения и обучения в них определяется федеральными законами и иными нормативными правовыми актами.
В Вооруженных Силах Российской Федерации действует Инструкция об условиях и порядке приема в военные образовательные учреждения высшего профессионального образования Министерства обороны Российской Федерации, утвержденная приказом министра обороны Российской Федерации от 24 июля 2006 г. N 280. Данная Инструкция определяет требования, предъявляемые к кандидатам из числа офицеров для зачисления в военно-учебные заведения слушателями, порядок предварительного отбора кандидатов, профессионального отбора кандидатов, порядок зачисления офицеров слушателями военно-учебных заведений и тд.
Инструкция установливает, что в качестве кандидатов из числа офицеров для обучения в военно-учебных заведениях по образовательным программам высшей военной оперативно-тактической подготовки по очной форме обучения рассматриваются офицеры Вооруженных Сил Российской Федерации: имеющие высшее профессиональное образование и полную военно-специальную подготовку по соответствующим военно-учетным специальностям, проходящие военную службу не менее пяти лет на воинских должностях, подлежащих замещению офицерами, в воинских званиях «капитан», им равных и выше, проходящие военную службу не менее года на воинских должностях, для которых штатом предусмотрены воинские звания «майор», им равные и выше, имеющие право заключать контракт на время обучения в вузе и на пять лет военной службы после его окончания.
В соответствии с п. 7 ст. 11 Положения о порядке прохождения военной службы военнослужащий, имеющий воинское звание офицера или прапорщика (мичмана), зачисленный в военно-учебное заведение, адъюнктуру, военную докторантуру, освобождается от ранее занимаемой воинской должности и назначается на воинскую должность слушателя или иную воинскую должность, предусмотренную для военнослужащих, обучающихся в указанном учебном заведении, адъюнктуре, военной докторантуре, и подлежащую замещению офицерами или прапорщиками (мичманами) соответственно.
Положением о порядке прохождения военной службы определено, что военнослужащие, не зачисленные в военно-учебное заведение, адъюнктуру, военную докторантуру, возвращаются в воинские части, из которых они были направлены для поступления в указанное учебное заведение, адъюнктуру, военную докторантуру, на прежние воинские должности.
В соответствии с п. 9 ст. 11 Положения о порядке прохождения военной службы военнослужащие, окончившие военно-учебные заведения, адъюнктуру, военную докторантуру, назначаются на воинские должности, подлежащие замещению лицами с необходимым уровнем образования и предусмотренные соответствующим перечнем воинских должностей.
Таким образом, командир правомерно отправляет Вас на замещение должности, не предъявляющих требований к здоровью, однако по окончанию Курсов при назначении на должность Вас должны будут уволить по состоянию здоровья.