Здравствуйте! Нет, Ваш работодатель не имеет законного права так поступать. Никто не имеет права изымать у гражданина РФ паспорт.
Постановление Правительства РФ от 08.07.1997 N 828 «Об утверждении Положения о паспорте гражданина Российской Федерации, образца бланка и описания паспорта гражданина Российской Федерации»:
22. Запрещается изъятие у гражданина паспорта, кроме случаев, предусмотренных законодательством Российской Федерации.
Исключения составляют только:
Изъятие паспорта (паспортов) гражданина Российской Федерации по основаниям, предусмотренным настоящим Федеральным законом, осуществляется судом, следственными органами Следственного комитета Российской Федерации, органами внутренних дел, федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным на осуществление функций по контролю и надзору в сфере миграции, и его территориальными органами, пограничными органами федеральной службы безопасности и таможенными органами, дипломатическими представительствами и консульскими учреждениями Российской Федерации.
Если работодатель будет пытаться изъять Ваш паспорт, то обращаетесь в прокуратуру.