Здравствуйте, Лариса.
Штраф является ответственностью. Привлечение к лому виду ответственности возможно только в случае наличия в действиях (бездействии) субъекта состава правонарушения: объекта, объективной стороны, субъекта, субъективной стороны.
Субъективная сторона состава правонарушения заключается в наличии вины. Считаю, что на этом вам стоит построить свои защиту. Учитывая, что контрагент предоставил вам подписанный договор с просрочкой, вина в нарушении срока опубликования договора отсутствует.
Безусловно то, что я написал не является универсальным способом защиты. Чтобы оценить на сколько такая защита приемлема, необходимо ознакомиться с вашей документацией о закупке и положением о закупке. Это обусловлено тем, что в этих документах, например, может быть предусмотрена ваша обязанность отказаться от заключения договора в случае просрочки предоставления подписанного договора.
Я готов вас проконсультировать в чате. И если мы сможем прийти к общему знаменателю в вопросе защиты, подготовить отзыв.