Здравствуйте, если речь о электроном аукционе по 44-ФЗ, могу вам предложить следующий выход из ситуации.
Во первых сразу отмечу, что вы не обязаны предоставлять в составе заявки ни выписку из ЕГРЮЛ, ни устав.
Данные документы вы предоставляете при прохождении аккредитации на площадке.
Площадка же направляет эти документы Заказчику после завершения аукциона.
Таким образом, заказчик получит выписку из ЕГРЮЛ и устав в редакции до внесения изменений. Следовательно, оснований для отклонения заявки у комиссии не будет (если только они не начнут сами копаться в ЕГРЮЛе).
Второй вариант действий.
Необходимо найти положения документации, которые не соответствуют закону или имеют неоднозначное толкование. В последний день для подачи запроса на разъяснений, подаем запрос. Заказчик должен будет на него ответить и при наличии оснований, внести ив документацию. После внесения изменений, он должен будет также продлить срок подачи заявок. В таком случае вы смоете предоставить устав в новой редакции до подачи заявки.
Готов оценить документацию на предмет несоответствий и подготовить запрос о разъяснении.