Какое наказание грозит, если сын год нигде не был прописан?

Здравствуйте, Лариса. Института прописке нет уже более 20 лет. Сейчас граждане регистрируются по месту пребывания и по месту жительства. Согласно Приказу ФМС России от 11.09.2012 № 288 Приказ ФМС России от 11.09.2012 № 288:

гражданин, изменивший место жительства, не позднее 7 дней со дня прибытия на новое место жительства обращается с заявлением о регистрации по месту жительства по форме к лицам, ответственным за прием и передачу в органы регистрационного учета документов, а при их отсутствии — к собственнику жилого помещения.

Ответственность за не регистрацию по месту жительства предусмотрена КоАП.

Статья 19.15.1. Проживание гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении без регистрации
1. Проживание гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении без регистрации либо допущение такого проживания нанимателем или собственником этого жилого помещения свыше установленных законом сроков — влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от двух тысяч до трех тысяч рублей; на нанимателей, собственников жилого помещения (физических лиц) — от двух тысяч до пяти тысяч рублей; на юридических лиц — от двухсот пятидесяти тысяч до семисот пятидесяти тысяч рублей.

Но в статье имеется примечание:

Примечание. Граждане Российской Федерации освобождаются от административной ответственности за административное правонарушение, предусмотренное настоящей статьей, в случае:
если они являются супругами, детьми (в том числе усыновленными), супругами детей, родителями (в том числе приемными), супругами родителей, бабушками, дедушками или внуками нанимателя (собственника) жилого помещения, имеющего регистрацию по месту жительства в данном жилом помещении.

Таким образом, если вы зарегистрированы по месту жительства в этой квартире, ваш сын подлежит освобождению от административной ответственности.