Анна, здравствуйте!
Чтобы не выплачивать генеральному директору зарплату, как было верно отмечено коллегами выше, можно оформить ему отпуск без сохранения заработной платы (отпуск без содержания), в этом случае заработная плата ему не начисляется и не выплачивается. А раз заработная плата не выплачивается, соответственно, нет и оснований для перечисления НДФЛ с зарплаты в бюджет. Но такой вариант подходит, если организация деятельность совсем не ведет и сдает нулевую отчетность.
Второй вариант: оформить директора на неполную ставку, можно даже на 0,1 ставки, тогда заработная плата будет исчисляться исходя из неполной ставки, соответственно, и все налоги тоже. Это, на самом деле лучше, чем если выплата совсем будет отсутствовать.
На практике применяются оба способа.Какой из них лучше в вашем случае сказать сложно, поскольку все ависит от проверяющего инспектора. Если он захочет предъявить претензии, то для этого основания будут. Например, могут спросить, как директор осуществляет свои обязанности, подписывает договоры, платежные документы и т.д. Однако, надо понимать, что это всего лишь вопросы, к налоговой ответственности привлечь за это не могут.
Если организация осуществляет предпринимательскую деятельность, но не выплачивает зарплату свои работникам, то это может стать основанием для приглашения организации (ее руководителя. представителя) на комиссию налоговой инспекции по легализации налоговой базы (в т.ч. по НДФЛ) (письмо ФНС России № АС-4-2/12722 от 17.07.2013г.), и там потребовать выплаты заработной платы.
Поэтому, если не хотите никаких вопросов, оформите неполную ставку и выплачивайте зарплату исходя из этого. Если Вам все равно, будут претензии или нет, и вы фактически деятельность не осуществляете, тогда смело оформляйте отпуск без сохранения зарплаты.
При этом, обращаю ваше внимание, что взносы в фонды (ПФР, ФСС, ФОМС) должны быть уплачены вне зависимости от того, выплачиваете вы заработную плату или нет. Из размер исчисляется исходя из начисленной заработной платы.