Добрый вечер, Полина!
Снять сына с регистрационного учета в такой ситуации крайне затруднительно. Конституционный Суд Российской Федерации в Определении от 2 июля 2013 года N 1033-О указал, что (бывшие) члены семьи собственника, отказавшиеся от участия в приватизации, сохраняют право постоянного (бессрочного) пользования данным жилым помещением и осуществляют его на условиях, предусмотренных жилищным законодательством; гражданам, проживающим совместно с собственником в принадлежащем ему жилом помещении, предоставляется право пользования данным жилым помещением наравне с его собственником, если иное не установлено соглашением между ними, и право требовать устранения нарушения своих прав на жилое помещение от любых лиц, включая собственника такого помещения.
Что касается вопроса фактического не проживания, то необходимо изучать конкретную ситуацию и выяснять причины не проживания. По не оплате за жилое помещение, то не исполнение обязанности по оплате за жилое помещение, и исполнение этой обязанности иными лицами предоставляет право обратиться в суд за взысканием этих расходов. Т.е. можно обратиться в суд и взыскать с сына расходы на ЖКУ в части его доли.
С уважением, И.А. Емельянов