Юлия!
Проинформируйте организацию, что вы обратитесь в трудовую инспекцию, которая обязательно наложит высокий штраф за неофициальное трудоустройство без ведома работника.
Если не подействует, то вам будет необходимо обратиться в трудовую инспекцию.
В заявлении укажите, что организация вас не трудоустроила официально без вашего ведома, что вы не знали об этом, что организация потеряла вашу трудовую книжку и не планирует оплачивать декретный отпуск.
Вы должны будете привести доказательства вашей работы в организации. Из письменных подойдёт любой документ на ваше имя, в т.ч. расчетный листок. Если не будет письменных, тогда необходимо обеспечить свидетельские показания клиентов или работников.
Тогда трудовая инспекция вынесет акт о проверке организации, заставит работодателя оформить вас официально.
Желаю удачи!