Здравствуйте, Ольга!
В соответствии со ст. 333.28. Налогового кодекса РФ государственная пошлина уплачивается за совершение действий, связанных с приобретением гражданства Российской Федерации или выходом из гражданства Российской Федерации, а также с въездом в Российскую Федерацию или выездом из Российской Федерации. 3500 рублей госпошлина уплачивается за выдачу паспорта, удостоверяющего личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации, содержащего электронный носитель информации (паспорта нового поколения). Других оснований уплаты госпошлины НК РФ не предусмотрено, а поэтому требования сотрудников ФМС по уплате госпошлины явно неправомерны. Кстати, эта практика у них существует очень давно. Возможно, что существует некое ведомственное указание.
Что Вам делать? Не платить госпошлину и требовать замены паспорта. Одновременно напишите жалобу в прокуратуру района.