Квартира в собственности (был привлечен мат капитал) супруг хочет отказаться от своей половины в пользу детей, но при условии что я тоже откажусь от своей части квартиры в пользу детей

Никакой связи с отказом от  долей в пользу детей и отобранием детей у вас нет. Лишить мать родительских прав на детей особенно в вашем случае практически шансов нет.  Можете не переживать. Вы вправе отказаться в пользу детей от  своих долей. Это ваше право. Конечно с такой квартирой до 18 лет ничего не сделать, везде надо будет получать согласие отдела опеки. 

Статья 69 СК. Лишение родительских прав

Родители (один из них) могут быть лишены родительских прав, если они:
уклоняются от выполнения обязанностей родителей, в том числе при злостном уклонении от уплаты алиментов;
отказываются без уважительных причин взять своего ребенка из родильного дома (отделения) либо из иной медицинской организации, образовательной организации, организации социального обслуживания или из аналогичных организаций;
злоупотребляют своими родительскими правами;
жестоко обращаются с детьми, в том числе осуществляют физическое или психическое насилие над ними, покушаются на их половую неприкосновенность;
являются больными хроническим алкоголизмом или наркоманией;
совершили умышленное преступление против жизни или здоровья своих детей, другого родителя детей, супруга, в том числе не являющегося родителем детей, либо против жизни или здоровья иного члена семьи.

Добрый день! Вы с супругом можете подарить свои доли детям. Сделки с несовершеннолетними детьми оформляются исключительно у нотариуса. После удостоверения договора, нотариус передаст документы на регистрацию в Росреестр, для регистрации права собственности на квартиру на ваших детей.

Так как в квартире больше не будет доли супруга, он не сможет вас выгнать из этой квартиры. Вы как мать — законный представитель детей имеете полное право проживать в квартире со своими детьми.

Мать и отец обладают равными правами и обязанностями по воспитанию детей. Дети должны оставаться с тем родителем, который может лучше заботиться о здоровье и воспитании. В российских реалиях это чаще всего матери.

Обычно суды оставляют детей с матерью, если она не страдает алкоголизмом и наркоманией, не имеет проблем с законом и средствами к существованию. 

Исчерпывающий перчень причин, по которым можно лишить родителя его прав, установлен в ст. 69 Семейного кодекса Российской Федерации" от 29.12.1995 N 223-ФЗ