Здравствуйте, Алёна!
В вашей ситуации очень многое зависит от того, каким образом вопрос об исключении НДС из проекта контракта, решен в документации или самом проекте контракта.
Если же этот вопрос оставлен «по умолчанию», то есть ни документация, ни проект контракта не содержат положений, предусматривающих исключение формулировки «в том числе НДС 18%», то заказчик прав не удовлетворяя ваш протокол разногласий.
В данном случае Заказчик руководствуется положениями статей 34 и 70 (если речь об электронном аукционе) общий смысл которых в том, что контракт должен заключаться на условиях документации. Соответственно, если в документации не предусмотрено изменение формулировки, касающейся НДС, вносить такие изменения неправомерно.
Моя позиция не голословна. Дело в том, что я защищал интересы клиента, оказавшегося в аналогичной ситуации. В ФАСе мы признали действия заказчика незаконными и обязали его заключить контракт без НДС. Однако, заказчик обжаловал решение ФАСа в суд. В итоге суды первой, апелляционной, кассационной инстанции поддержали позицию заказчика. Устояло указанное решение и в Верховном суде. С определением об отказе в передаче кассационной жалобы для рассмотрения в судебном заседании Судебной коллегии по экономическим спорам Верховного Суда Российской Федерации можете ознакомиться по ссылке: kad.arbitr.ru/PdfDocument/d92f66b9-175b-44a5-8edc-a913b5f42355/A65-16826-2014_20150626_Opredelenie.pdf.
Таким образом, в случае отсутствия положения, предусматривающих возможность исключения упоминания о НДС, вам лучше заключить контракт на условиях заказчика и уплатить НДС после оплаты. Иначе вы будете признаны уклонившимися от заключения контракта и рискуете потерять обеспечение заявки и попасть в РНП на 2 года.
В дополнение. Поскольку приведенное письмо касалось 94-ФЗ, в действующем 44-ФЗ обоснованием вашей правоты будет ч. 10 ст. 70
С другой стороны и приведенное и более поздние письма минфина по схожим ситуациям не являются нормативными документами о чем они сами и указывают, суды могут занимать противоположную позицию как например в прикрепленном судебном акте