Вычитается ли подоходный налог из компенсации при соглашении сторон о досрочном увольнении?

Освобождаются только выплаты касательно неиспользованного отпуска

НК РФ Статья 217. Доходы, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения)

Путеводитель по налогам. Вопросы применения ст. 217 НК РФ >>>

Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц:
1) государственные пособия, за исключением пособий по временной нетрудоспособности (включая пособие по уходу за больным ребенком), а также иные выплаты и компенсации, выплачиваемые в соответствии с действующим законодательством. При этом к пособиям, не подлежащим налогообложению, относятся пособия по безработице, беременности и родам;
2) пенсии по государственному пенсионному обеспечению, страховые пенсии, фиксированная выплата к страховой пенсии (с учетом повышения фиксированной выплаты к страховой пенсии) и накопительная пенсия, назначаемые в порядке, установленном действующим законодательством, социальные доплаты к пенсиям, выплачиваемые в соответствии с законодательством Российской Федерации и законодательством субъектов Российской Федерации;
(в ред. Федеральных законов от 29.12.2004 N 204-ФЗ, от 24.07.2009 N 213-ФЗ, от 29.06.2015 N 177-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

3) все виды установленных действующим законодательством Российской Федерации, законодательными актами субъектов Российской Федерации, решениями представительных органов местного самоуправления компенсационных выплат (в пределах норм, установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации), связанных с:
(в ред. Федерального закона от 29.12.2000 N 166-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

возмещением вреда, причиненного увечьем или иным повреждением здоровья;
бесплатным предоставлением жилых помещений и коммунальных услуг, топлива или соответствующего денежного возмещения;
(в ред. Федерального закона от 29.12.2000 N 166-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

оплатой стоимости и (или) выдачей полагающегося натурального довольствия, а также с выплатой денежных средств взамен этого довольствия;
оплатой стоимости питания, спортивного снаряжения, оборудования, спортивной и парадной формы, получаемых спортсменами и работниками физкультурно-спортивных организаций для тренировочного процесса и участия в спортивных соревнованиях, а также спортивными судьями для участия в спортивных соревнованиях;
(в ред. Федеральных законов от 25.11.2009 N 276-ФЗ, от 29.02.2012 N 16-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

увольнением работников, за исключением:
(в ред. Федерального закона от 21.11.2011 N 330-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

компенсации за неиспользованный отпуск;
(абзац введен Федеральным законом от 21.11.2011 N 330-ФЗ)