Здравствуйте, Татьяна!
С точки зрения гражданского законодательства, дополнительное соглашение должно быть составлено в той же форме, что и сам договор. То есть зарегистрировано и вступает в силу только в момент государственной регистрации.
Но для тех целей, которые вы приследуете, мне кажется, и наличия назарегистрированного соглашения будет достаточно чтобы доказать распредление арендуемой площади.
Здесь важно, что не меняются общая площадь аренды и арендная плата, а также другие существенные условия.
Налоговое законодательство часто никак не зависит от гражданской правомерности отношений.
Яркий пример, это признание в расходах по налогу на прибыль арендной платы по незарегистрированным соглашениям. Например, в Постановлении ФАС Северо-Западного округа от 27.02.2008 по делу N А56-30518/2006 суд указал :Признавая правомерным отнесение к расходам арендной платы, установленной незарегистрированными дополнительными соглашениями к договору аренды, суд указал, что факт государственной регистрации договора аренды или дополнительного соглашения к нему не влияет на признание расходов.
Аналогичные выводы содержит: Постановление ФАС Северо-Западного округа от 21.04.2006 по делу N А56-24327/2005
Здесь речь идет о признании расходов по налогу на прибыль! А что уж говорить о доказывании соответсвия площадей применению ЕНВД. Так что, предполагаю, что ваша задумка может сработать.