Обязан ли я учитывать в составе доходов ИП возмещение расходов на командировки?

Здравствуйте, Павел!
Да, можете не учитывать данные суммы в расходах. Если в договоре четко прописано о компенсационном характере данных платежей и везде они выделены отдельно от вашего вознаграждения, то в налогообложении их можно не учитывать.

Данные платежи не отвечают критерию экономической выгоды, установленному ст. 41 НК РФ

Статья 41. Принципы определения доходов
В соответствии с настоящим Кодексом доходом признается экономическая выгода в денежной или натуральной форме, учитываемая в случае возможности ее оценки и в той мере, в которой такую выгоду можно оценить, и определяемая в соответствии с главами «Налог на доходы физических лиц», «Налог на прибыль организаций» настоящего Кодекса.

Впрочем, нужно признать, что вопрос этот спорный и если вы будете возвращать налог, то больша вероятность, что налоговые органы будут настаивать на том, что это ваш доход. Можете смело судится. Здесь практика в пользу налогоплательщиков.
Вернуть налог за прошлые периоды тоже можете. Подавайте уточненные декларации и затем заявления о возврате или зачета налога.

Да, можете не учитывать данные суммы в расходах.
Унароков Тимур

Может все таки в доходах?

Здравствуйте! В данном случае Вы верно учитываете эти суммы в доходах.

Вопрос: Организация (исполнитель) оказывает юридические услуги, представляя интересы заказчиков в суде, и применяет УСН с объектом налогообложения «доходы». Согласно договору на оказание юридических услуг заказчик обязуется возместить исполнителю расходы на оплату госпошлины в судебной инстанции, оплату почтовых отправлений, проезд исполнителя до мест проведения судебных заседаний, а также другие расходы.
Учитывается ли сумма возмещаемых расходов исполнителя в доходах при исчислении налога, уплачиваемого в связи с применением УСН?
Ответ:
МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПИСЬМО
от 15 августа 2012 г. N 03-11-06/2/109
Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел письмо по вопросу о порядке применения упрощенной системы налогообложения и на основании информации, изложенной в письме, сообщает следующее.
Согласно ст. 346.14 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) объектом налогообложения при применении упрощенной системы налогообложения в зависимости от выбора налогоплательщика признаются доходы либо доходы, уменьшенные на величину расходов.
В случае если объектом налогообложения являются доходы организации, налоговой базой признается денежное выражение доходов (п. 1 ст. 346.18 Кодекса).
Исходя из ст. 346.15 Кодекса налогоплательщики, применяющие упрощенную систему налогообложения, при определении объекта налогообложения учитывают доходы от реализации, определяемые в соответствии со ст. 249 Кодекса, и внереализационные доходы, определяемые в соответствии со ст. 250 Кодекса.
При определении объекта налогообложения не учитываются доходы, предусмотренные ст. 251 Кодекса.
Одновременно следует отметить, что согласно ст. 249 Кодекса доходом от реализации признаются выручка от реализации товаров (работ, услуг) как собственного производства, так и ранее приобретенных, выручка от реализации имущественных прав.
Выручка от реализации определяется исходя из всех поступлений, связанных с расчетами за реализованные товары (работы, услуги) или имущественные права, выраженные в денежной и (или) натуральной формах.
Статьей 779 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее — ГК РФ) предусмотрено, что по договору возмездного оказания услуг исполнитель обязуется по заданию заказчика оказать услуги (совершить определенные действия или осуществить определенную деятельность), а заказчик обязуется оплатить эти услуги.
Заказчик обязан оплатить оказанные ему услуги в сроки и в порядке, которые указаны в договоре возмездного оказания услуг (п. 1 ст. 781 ГК РФ).
В соответствии со ст. 783 ГК РФ к договору возмездного оказания услуг применяются общие положения о подряде (ст. ст. 702 — 729 ГК РФ) и положения о бытовом подряде (ст. ст. 730 — 739 ГК РФ), если это не противоречит ст. ст. 779 — 782 ГК РФ, а также особенностям предмета договора возмездного оказания услуг.
При этом цена договора возмездного оказания услуг включает компенсацию издержек исполнителя и причитающееся ему вознаграждение (п. 2 ст. 709 ГК РФ).
Таким образом, учитывая, что сумма вознаграждения и сумма компенсации издержек формируют цену оказываемых исполнителем по договору юридических услуг, то в доход при исчислении суммы налога, уплачиваемого в связи с применением упрощенной системы налогообложения, может быть включена сумма за оказанные юридические услуги, а также сумма компенсируемых расходов исполнителя (в частности, на оплату госпошлины в судебной инстанции, на оплату почтовых отправлений и проезд исполнителя до мест проведения судебных заседаний).
Заместитель директора
Департамента налоговой
и таможенно-тарифной политики
С.В.РАЗГУЛИН
15.08.2012

Здесь практика в пользу налогоплательщиков.
Унароков Тимур

Тимур, приведите, пожалуйста, практику.

В одном могу согласиться с Тимуром (хотя и по другой причине) — можете подать уточненные декларации и заявление о возврате налога.

Так как Вы уже заплатили налог, то штрафов и пени не будет. Но налоговая Вам скорее всего откажет. Не стала бы утверждать, что «можете смело судиться». Это будет совсем не просто, надо будет доказывать, что полученные средства действительно компенсация, а не Ваш доход.