В силу ч.1 и ч.2 ст. 46 Земельного кодекса РФ, аренда земельного участка прекращается по основаниям и в порядке, которые предусмотрены гражданским законодательством. Наряду с указанными в пункте 1 настоящей статьи основаниями аренда земельного участка может быть прекращена по инициативе арендодателя по основаниям, предусмотренным пунктом 2 статьи 45 настоящего Кодекса.
На основании пп. 1 п.2 ст. 45 ЗК РФ, при ненадлежащем использовании земельного участка, а именно при:
использовании земельного участка с грубым нарушением правил рационального использования земли, в том числе если участок используется не в соответствии с его целевым назначением или его использование приводит к существенному снижению плодородия сельскохозяйственных земель или значительному ухудшению экологической обстановки;
порче земель;
невыполнении обязанностей по рекультивации земель, обязательных мероприятий по улучшению земель и охране почв;
невыполнении обязанностей по приведению земель в состояние, пригодное для использования по целевому назначению;
неиспользовании земельного участка, предназначенного для сельскохозяйственного производства либо жилищного или иного строительства, в указанных целях в течение трех лет, если более длительный срок не установлен федеральным законом. В этот период не включается время, необходимое для освоения участка, а также время, в течение которого участок не мог быть использован по целевому назначению из-за стихийных бедствий или ввиду иных обстоятельств, исключающих такое использование.
Из Вашего вопроса непонятно, кем ранее был взят участок, Вами либо другим лицом. В любом случае неиспользование участка в течении двух лет не влечет прекращение на него права аренды по данному основанию.
Если ранее брали Вы — регистрируйте право аренды и стройте. Если участок на праве аренды у другого лица, то субаренда возможна при соблюдении требований п.6 ст. 22 Земельного кодекса РФ:
Арендатор земельного участка, за исключением резидентов особых экономических зон — арендаторов земельных участков, имеет право передать арендованный земельный участок в субаренду в пределах срока договора аренды земельного участка без согласия арендодателя при условии его уведомления, если договором аренды земельного участка не предусмотрено иное. На субарендаторов распространяются все права арендаторов земельных участков, предусмотренные настоящим Кодексом.
Так он уже в аренде.
И обременение не снято, и если есть в выписке аренда, значит договор в росреестре прошёл. Только если по субаренде или если муниципалитет расторгнет договор аренды.
Решать с муниципалитетом нужно. Пока в аренду Вы взять его не сможете, он уже в аренде.