Какую сумму удержать с подрядчика

Уважаемый Иван! По условиям Договора с Подрядчиком Вы можете предъявить претензии по срокам выполнения работ. Но учтите, что Вы должны обосновать причину задержки по вине Подрядчика, иначе Подрядчик может мотивировать продление сроков согласно п. 3.3

3.3Продление срока окончания работ по Договору может произойти в случае, когда задержка в выполнении работ произошла не по вине Подрядчика,
а по независящим от него причинам. В этом случае стороны подписывают
Дополнительное соглашение, регламентирующее перенос сроков сдачи работ и дополнительную оплату издержек Подрядчика,
вызванных этой задержкой.

Далее, по качеству работы — если Вы оформляли (должны были это делать по условиям Договора 3.4), то основания предъявлять претензии к качеству работу у Вас в данном случае отсутствуют. Если же Вы отправляли мотивированный отказ, то у Вас сохраняется право доказывать, что работы были сделаны некачественно и на устранение недостатков работы Вы потратили собственные средства.

3.4.Заказчик в течение 5(пять) дней со дня получения акта сдачи-приемки работ, направляет Подрядчику подписанный Акт или направляет Подрядчику мотивированный отказ от приемки работ.3.5.Срок устранения недостатков и недоработок не может превышать 5(пяти)
календарных дней, с момента получения Подрядчиком
письменного отказа Заказчика от приемки результата работ.

По вопросу -«какую сумму удержать у подрядчика, и как документально это оформить» — Вы можете написать претензию Подрядчику по вопросу нарушения сроков сдачи работы. Сумма, которую Вы имеете право удержать, указана в Договоре п.4.6.2:.

4.6.2.
Подрядчик за нарушение договорных обязательств уплачивает Заказчику за нарушение сроков выполнения отдельных видов работ – неустойку в виде пени, в размере 0,2%(ноль целых, две десятых процента) от стоимости просроченных платежей за каждый день просрочки, но не более 10% (десяти процентов) от просроченного платежа.

Подрядчик обязан в течение 10 дней дать письменный ответ на Вашу претензию, если же в ответе будет отказ, то подавайте в суд исковое заявление о взыскании неустойки за нарушение сроков выполнения работ по Договору подряда. Вопрос по качеству решить будет крайне сложно, если Вы не отправляли мотивироанного отказа, и Подрядчик мог предполагать, что работа Вами принята.

С уважением, Марина.