Как нам выписывать счет фактуру: по каждому акту отдельно или общую?

добрый день,вопрос такой,наша организация оказывает услуги по заданию другой организации на основании соглашения, посредниками мы не являемся,на основании счета мы выставляем акт выполненных работ общий по всем фирмам и даты в этом акте стоят разные

пример

проверка одной организации 01.01.2016

проверка второй организации 10.01.2016

акт выполненных работ выставляется по завершению всех работ на основании соглашения, вопрос как нам выписывать счет фактуру по каждому отдельно,или общую на основании акта вып.работ и соглашения,с той организацией которая дает нам задание