Здравствуйте, Петр.
Согласно статьи 31 Федерального закона "О воинской обязанности и военной службе", Вы обязаны явиться в указанные в повестке военкомата время и место для медосвидетельствования.
Таким образом, заявление военкому не даст результатов: обязанность исполнить указание повестки императивно и безусловно предписана законом.
А вот в "месте для медосвидетельствования", указанном в повестке, по прибытии туда - немедленно подайте заявление на имя главного врача мед.учреждения, не забыв сохранить себе второй экземпляр с отметкой о вручении или входящим номером мед.учреждения.
Так Вы максимально грамотно реализуете и защитите свои права.